Raja Ngah Jaafar ibni Raja Kechil Tengah Ahmad adalah cucunda kepada Sultan Abdul Malik Mansur Shah, Sultan Perak ke-19. Baginda merupakan adinda kepada Raja Bendahara Alang Iskandar (Marhum Teja), yang seterusnya adalah bapa kepada Raja Idris (kemudian Sultan Perak ke 28). Raja Ngah Jaafar tinggal di Rantau Panjang.

Pada bulan November 1856, Raja Ngah Jaafar (pada masa itu Raja Muda) telah dianggap sebagai de facto Sultan Perak, berikutan perang saudara antara beliau dan dan bapa saudaranya, Sultan Abdullah Muhammad Shah I, yang membawa kepada melarikan diri kedua istananya di Durian Sebatang. Raja Ngah Jaafar dianugerahkan surat yang berseru kawalan berterusan Long Jaafar daerah Larut, yang kaya dengan bijih timah. Pada tahun 1857, Long Jaafar meninggal dunia dan anaknya Ngah Ibrahim menggantikan ayahnya sebagai pemegang konsesi Larut. Pada tahun yang sama, Raja Muda Jaafar telah diisytiharkan sebagai Sultan berikutan kemangkatan Sultan Abdullah Muhammad Shah I, dan telah digelar Sultan Jaafar Safiuddin Muadzam Shah. Baginda kemudian memberikan piagam lain memperbaharui pemberian konsesi untuk daerah Larut dalam nama Ngah Ibrahim pada 24 Mei 1858.

Tatkala Ia naik takhta, Sultan Jaafar dilantik Raja Ngah Ali ibni Sultan Shahabuddin sebagai Raja Muda dan Raja Ismail bin Saiyid Al-Khairat (Raja Siak) sebagai Raja Bendahara, manakala Raja Lop Yusuf (anak lelaki sulung Sultan Abdullah Muhammad Shah I) telah diketepikan.

Ia adalah semasa pemerintahannya bahawa peperangan Larut memecah antara pelombong Cina, peperangan pertama adalah pada tahun 1861. Para pekerja perlombongan Cina membentuk diri mereka ke dalam kumpulan kongsi gelap (kongsis) dan tidak lama lagi pergaduhan berlaku di antara kongsi gelap (iaitu Ghee Hin dan Hai San) yang merebak ke Pulau Pinang (semasa perang kedua). Kerajaan British di Pulau Pinang terpaksa campur tangan, jadi bot-bot tentera British telah dihantar ke Larut untuk menindas cetak rompak dan pistol berlari, dan untuk mengembalikan keamanan dan ketenteraman.

Kerajaan British mendakwa $ 17,447.00 daripada Sultan Jaafar untuk perbelanjaan yang dilakukan dan Sultan tidak dapat membayar, mengarahkan Ngah Ibrahim untuk membuat pembayaran. Sebagai balasan, pada tahun 1864, Ngah Ibrahim telah dikurniakan gelaran Orang Kaya Menteri Paduka Tuan, dengan daerah Larut sebagai wilayahnya - sejauh Krian di utara dan Bruas di selatan.